山大学子连续三年获得“英特尔杯”全国并行应用挑战赛金奖

山大人

第十七届全国高性能计算学术年会（CCF HPC China 2021）于10月21日至23日在广东珠海举行。会上，组委会揭晓了第九届“英特尔杯”全国并行应用挑战赛（简称PAC）的比赛结果。来自山东大学、华中科技大学、西安交通大学、北京航空航天大学、中山大学、上海交通大学等单位的多支队伍从几百只参赛队中脱颖而出，入围决赛。最终，山东大学软件学院的两支参赛队伍勇夺该项赛事的金奖和铜奖，软件学院刘卫国教授和青年教师殷泽坤担任参赛队的指导老师。

本届PAC优化组的决赛赛题为空间组学实现测序数据空间定位的优化问题，该算法原理是通过一段25bp的barcode序列（指长度为25的DNA碱基片段）来标记空间位置和测序DNA序列，然后通过barcode序列匹配将测序得到的DNA序列定位回空间原位。但是，由于目前的测序仪测到的DNA序列不是百分百准确，该算法有一套容错方案，这种容错方式的时间复杂度比较高，程序执行效率很低。软件学院“吃饭不长肉”参赛队通过优化IO（指优化读写速度）、更换手写map（映射表）、添加布隆过滤器等方式对程序进行优化，以比第二名节省一半时间的优异成绩斩获金奖，卫冕冠军。参赛队员包括软件学院2021级硕士研究生闫立峰、赵展，2018级本科生宋浩喆、孙伟豪。这是山东大学参赛队继2019、2020年两次获得这一赛事冠军之后又一次夺冠，也是PAC比赛自2013年创办以来历史上第一次有参赛队实现三连冠。软件学院另一支参赛队“喜佳佳”获得全国第4名，该参赛队员包括软件学院2021级硕士研究生王明凯、常启鑫、花梦圆、刘小慧。

PAC比赛由中国计算机学会高性能计算专业委员会指导，英特尔（中国）有限公司联合北京并行科技股份有限公司主办。大赛特邀多名国内知名企业、高水平院校和科研机构的高性能计算领域专家参与评审工作。经过多年的努力与发展，PAC已是我国高性能计算领域最高水平的挑战赛之一，成为推动我国高性能计算应用发展、培养和选拔高校顶尖技术人才、鼓励人才与应用场景深度融合的重要平台。